La pandemia no sólo llegó a las grandes ciudades ni a las regiones de mayor poder adquisitivo, también atacó a las regiones pobres y extremadamente pobres del país. El virus por Covid-19 afectó a gran parte de las regiones rurales, al cierre del 2020 el 84.6% de los municipios indígenas mexicanos registró presencia del coronavirus, a pesar de los esfuerzos por controlar la pandemia, zonas rurales están en niveles críticos de contagios, .
En el registro histórico recopilado por el Coneval (Consejo Nacional de Evaluación de la Política de Desarrollo Social) señala que las zonas indígenas siguen una tendencia inestable de contagios. Durante los primeros meses con el nuevo virus en el país los municipios indígenas permanecieron relativamente limpios, para mediados del 2020 ya se presentaban los primeros casos y al corte del último día del 2020 ya casi todos estos municipios habían registrado al menos un caso.
Al culminar el año, el municipio indígena con mayor casos confirmados de coronavirus fue Valladolid, Yucatán que suma 2,038 casos acumulados, adicionalmente, éste es la única localidad indígena que tiene más de 20 casos activos. Al 31 de diciembre del 2020 este municipio al sureste mexicano registraba 32 enfermos confirmados de Covid-19.
El municipio que presentó más casos fatales de la enfermedad fue Xalapa, Veracruz, donde 113 personas fallecieron a causa de complicaciones por el virus.
De los 2,465 municipios que hay en México, el virus alcanzó a 362 de estos, que presentan algún grado de pobreza extrema. También afectó a 949 municipios con familias que viven con pobreza moderada.